在孙传庭的一生中。镇压农民起义构成了他军旅生涯的主要内容，其起点始于崇祯八年。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治，陕西巡抚甘学阔多次镇压失利。于是陕西的士大夫们纷纷请荐孙传庭督秦，于是孙传庭遂被崇祯皇帝于崇祯九年三月安排巡抚陕西。

　　孙传庭到任陕西后，先令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。此一举，瞬间震慑了陕西的起义军。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，而孙传庭一鼓作气，又在陕西周至的黑水峪之战中镇压了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。而当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠等人则进兵渭南。孙传庭于是联络河南明军对起义军进行围追堵截。待到崇祯十年初，孙传庭率部与各路明军以优势兵力接连打击了陕西起义军各部，才使关中以南地区趋于平定。

　　孙传庭在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。为尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵部尚书杨嗣昌的“四正六隅”的全面围剿方略，并折衷了兵部“堵截正面，固守商洛”的议定，派重兵扼守商洛一带的战略要地。崇祯十一年初，过天星、混天星的起义军经凤翔将通向澄城时，孙传庭指挥其部分五路合击该起义军，捕杀二千余人，又在今陕西深沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的马进忠、马光玉两部，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。这还不算，孙传庭接受朝廷旨意，很快又镇压了对朝廷具有威胁的河南起义军。

　　孙传庭抵达京郊后，由于他和主和派的杨嗣昌及中官高起潜矛盾颇深，受杨嗣昌诬陷假病推托朝事，崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民。没了孙传庭，李自成终于东山再起，无奈的崇祯帝不得不再次起用孙传庭。此时的李自成由于静心总结失败教训，认真研究对手孙传庭，终于在与孙传庭的陕西军交战中大败之。孙传庭率残部败回陕西后，决心死守潼关，以扼京城之上游要地。但最终，由于兵力悬殊，孙传庭败死在起义军中。

　　孙传庭自万历四十七年中进士至崇祯十六年兵败身亡的25年间，他由永城知县到统领七省军务，先后参与并主持了数十次对明末农民起义军的镇压活动，深得明廷赏识。他以其独有的狡黠、多谋、果断，使农民起义军多次处境艰险，成为明廷手中一张不可多得的王牌。但孙传庭的死去，使得明王朝再无剿灭义军的将军可用，最终只能被李自成所覆灭，因此《明史》有“传庭死而明亡矣”之说。