阿赖耶识即是如来藏，本质在于阿赖耶识与如来藏本体是一非异，阿赖耶识具足众生未来成佛之种种功德法，“许如来藏随缘成阿赖耶识”。两者名相又有微妙之差别，是因为从如来藏清净本然角度视之，如来藏与生灭和合非一非异名阿赖耶识，如来藏与不生不灭和合位在无垢识；从阿赖耶识杂染粗重角度视之，阿赖耶识转成大圆镜智，位在无垢识，与如来藏等同。

无论欲界之中所谓人、天道，或是畜生道，或是饿鬼道，或是地狱道，皆是由阿赖耶识按照有情众生所造作业行习气之内涵，而将其变异成熟为异熟果报身。色界天、无色界天亦是如此，皆是由阿赖耶识按照其前世所造作而由末那识所执著之染污以及所造业之内涵，而如实呈现果报。

大乘行者，在智慧资粮与福德资粮具备之时，一念慧相应，而与无漏相应，因为亲证如来藏阿赖耶识之缘故，而了知阿赖耶识才是真实法，五蕴十八界中无有一法为真实法，皆是无常法，因此而能断除颠倒想所生之我见与我执。

依止于亲证如来藏阿赖耶识而断除我见我执后，大乘行者自然生起无漏智慧，依止于阿赖耶识如来藏之无漏功德法性，进而修除我见我执烦恼，修除所知障一切无明烦恼。待诸等烦恼都修除后，阿赖耶识即能将其所含藏之本来而有之无漏无为功德法完全显发。此所谓“若无漏相应，即雨一切诸功德法”。

真实心如来藏其名相有诸多种，于声闻乘经律中所记载有“真实、清凉、如、根本识、穷生死蕴、入胎识”者，此名相是为佛陀针对修学解脱道之二乘圣者，说明五阴十八界为无常生灭之法，然与五阴十八界同在有一真实法，有一如，有一清凉不落生死之苦之法，此即出生五阴十八界之根本识；其能够一世接连一世变化五蕴而无穷尽，故而称为穷生死蕴；又因为由其入胎执取父精母血，成就五蕴十八界法，故而称为入胎识。

于大乘经律中记载，真实心如来藏又有“法性、实相、真如实相、实相般若、非心心、无心相心、第八识、阿赖耶识、异熟识、阿陀那识、无垢识”诸等名相，皆是佛陀为菩萨所解说。

佛为亲证阿赖耶识之菩萨解说，使菩萨能够因为亲证阿赖耶识后，了知因为依止于阿赖耶识能现观般若实相智慧。阿赖耶识本来清净、含藏种种法性，阿赖耶识即是万法实相，故而称是“法性、实相、真如实相、实相般若”。

依照阿赖耶识，而有一切法皆于中道法性中生灭而不落入无常，不落入断灭空。其是非心心，因为其不是意识觉知心；其是无心相心，因为其没有意识觉知心之见闻觉知相；其是第八识，因为眼耳鼻舌身意前六识加末那识为七个识，其为第八识。

阿赖耶识本身能将所藏、执藏之五蕴十八界功能法与所藏业之内涵如实变异成熟，以为六道有情之种种五蕴异熟果报，因此又称为异熟识。即是说，阿赖耶识含藏一切法种，又能变异成熟一切法种之功能，故而又作异熟识。

真心如来藏又作无垢识，即谓当菩萨证得阿赖耶识后，能够断除阿赖耶识中所执藏之末那识自我所造作三界生死之烦恼，此三界生死烦恼断除后，则“阿赖耶识性”随之灭除，亦是说将此末那识恒内执我而造作流转生死之烦恼灭除。此时，此识因为没有继续执藏三界生死种子之功能，故阿赖耶识之名相灭除。

阿赖耶识之名相灭除时，连同所知障所含藏之无明也已断除，因此此识本身所含藏一切法种完全无漏无为，不再有任何一丝一毫有漏有为法，完全清净、完全纯善，故称“无垢识”。此无垢识即是佛地知真如心（只灭除阿赖耶识、异熟识名相，改名无垢识，仍为原来阿赖耶识心体）。